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2019-03-29

2019-03-15

西増　弘志

助教　西増　弘志（にします　ひろし）

学歴 ↑

1998年
北海道北見北斗高校卒業
1998年
東京大学教養学部理科I類入学
2002年
東京大学農学部応用生命科学課程生命工学専修卒業
2002年
同 大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻修士課程入学
2004年
同 博士課程進学
2007年
博士（農学）（東京大学）取得

職歴 ↑

2006年
日本学術振興会特別研究員DC2
2007年
日本学術振興会特別研究員PD
2007年
東京工業大学 生命理工学研究科 生命情報専攻 COE特任助教
2008年
東京大学 医科学研究所 基礎医科学部門 染色体制御分野 助教
2010年
東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 特任助教
2013年
東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 助教
2014年
科学技術振興機構（JST） さきがけ研究者（兼任）
現在に至る

発表論文 ↑

  1. "Structures and mechanisms of CRISPR RNA-guided effector nucleases."
    Nishimasu H, Nureki O,
    Curr Opin Struct Biol, (2016).
  2. "Crystal Structure of Silkworm PIWI-Clade Argonaute Siwi Bound to piRNA."
    Matsumoto N*, Nishimasu H*, Sakakibara K, Nishida KM, Hirano T, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O,
    Cell, 167 484-497 (2016).
  3. "Structural and functional insights into IZUMO1 recognition by JUNO in mammalian fertilization"
    Kato K*, Satouh Y*, Nishimasu H*, Kurabayashi A, Morita J, Fujihara Y, Oji A, Ishitani R, Ikawa M, Nureki O,
    Nat Commun, 7 12198 (2016).
  4. "Crystal structure of the plant receptor-like kinase TDR in complex with the TDIF peptide."
    Morita J, Kato K, Nakane T, Kondo Y, Fukuda H, Nishimasu H, Ishitani R, Nureki O,
    Nat Commun, 7 12383 (2016).
  5. "Crystal Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA."
    Yamano T*, Nishimasu H*, Zetsche B, Hirano H, Slaymaker IM, Li Y, Fedorova I, Nakane T, Makarova KS, Koonin EV, Ishitani R, Zhang F, Nureki O,
    Cell, 165 (2016).
  6. "Structural basis for specific inhibition of Autotaxin by a DNA aptamer."
    Kato K*, Ikeda H*, Miyakawa S, Futakawa S, Nonaka Y, Fujiwara M, Okudaira S, Kano K, Aoki J, Morita J, Ishitani R, Nishimasu H, Nakamura Y, Nureki O,
    Nat Struct Mol Biol, 23 395-401 (2016).
  7. "Structural Basis for the Altered PAM Specificities of Engineered CRISPR-Cas9."
    Hirano S*, Nishimasu H*, Ishitani R, Nureki O,
    Mol Cell, 61 886-894 (2016).
  8. "Structure and biological function of ENPP6, a choline-specific glycerophosphodiester-phosphodiesterase"
    Morita J*, Kano K*, Kato K*, Takita H*, Sakagami H, Yamamoto Y, Mihara E, Ueda H, Sato T, Tokuyama H, Arai H, Asou H, Takagi J, Ishitani R, Nishimasu H, Nureki O, Aoki J,
    Sci Rep., 6 20995 (2016).
    PubMed: link Open access, PDB: 5EGE 5EGH
  9. "Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9"
    Hirano H, Gootenberg JS, Horii T, Abudayyeh OO, Kimura M, Hsu PD, Nakane T, Ishitani R, Hatada I, Zhang F, Nishimasu H, Nureki O,
    Cell., 164 950-961 (2016).
    PubMed: link Open access, PDB: 3B2Q 3B2P 3B2O
  10. "Glyceraldehyde Oxidoreductase Isozymes Exhibit Diverse Substrate Specificities through Unique Subunit Assemblies."
    Wakagi T, Nishimasu H*, Miyake M, Fushinobu S,
    PLoS One, 11 e0147333 (2016).
    PubMed: link
  11. "Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9."
    Nishimasu H, Cong L, Yan WX, Ran FA, Zetsche B, Li Y, Kurabayashi A, Ishitani R, Zhang F, Nureki O,
    Cell, 16 1113-1126 (2015).
    PubMed: link, PDB: 5CZZ 5AXW
  12. "Crystal structure and activity of the endoribonuclease domain of the piRNA pathway factor Maelstrom."
    Matsumoto N*, Sato K*, Nishimasu H*, Namba Y, Miyakubi K, Dohmae N, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O,
    Cell Rep, 11 366-375 (2015).
    PubMed: link, PDB: 4YBG
  13. "Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex."
    Konermann S, Brigham MD, Trevino AE, Joung J, Abudayyeh OO, Barcena C, Hsu PD, Habib N, Gootenberg JS, Nishimasu H, Nureki O, Zhang F,
    Nature, 517 583-588 (2015).
    PubMed: link
  14. "Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Enpp6."
    Morita J, Kato K, Mihara E, Ishitani R, Takagi J, Nishimasu H, Aoki J, Nureki O,
    Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun, 70 794-799 (2014).
    PubMed: link
  15. "Crystal structure of Cas9 in complex with guide RNA and target DNA."
    Nishimasu H, Ran FA, Hsu PD, Konermann S, Shehata SI, Dohmae N, Ishitani R, Zhang F, Nureki O,
    Cell, 156 935-949 (2014).
    PubMed: link, PDB: 4OO8
  16. "Structural basis for potent inhibition of SIRT2 deacetylase by a macrocyclic peptide inducing dynamic structural change."
    Yamagata K*, Goto Y*, Nishimasu H*, Morimoto J, Ishitani R, Dohmae N, Takeda N, Nagai R, Komuro I, Suga H, Nureki O,
    Structure, 22 345-352 (2014).
    PubMed: link, PDB: 4L3O
  17. "Screening and X-ray crystal structure-based optimization of autotaxin (ENPP2) inhibitors, using a newly developed fluorescence probe."
    Kawaguchi M, Okabe T, Okudaira S, Nishimasu H, Ishitani R, Kojima H, Nureki O, Aoki J, Nagano T,
    ACS Chem Biol, 8 1713-1721 (2013).
    PubMed: link, PDB: 3WAY 3WAX 3WAW 3WAV
  18. "The tRNA recognition mechanism of folate/FAD-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO)."
    Yamagami R, Yamashita K, Nishimasu H, Tomikawa C, Ochi A, Iwashita C, Hirata A, Ishitani R, Nureki O, Hori H,
    J Biol Chem, 287 42480-42494 (2012).
    PubMed: link
  19. "Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Zucchini from Drosophila melanogaster."
    Fukuhara S, Nishimasu H, Bonnefond L, Matsumoto N, Ishitani R, Nureki O,
    Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun, 68 1346-1350 (2012).
    PubMed: link
  20. "Structure and function of Zucchini endoribonuclease in piRNA biogenesis."
    Nishimasu H*, Ishizu H*, Saito K, Fukuhara S, Kamatani MK, Bonnefond L, Matsumoto N, Nishizawa T, Nakanaga K, Aoki J, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O,
    Nature, 491 284-287 (2012).
    PubMed: link, PDB: 4GEL 4GEM 4GEN
  21. "Specific recognition of linear polyubiquitin by A20 zinc finger 7 is involved in NF-κB regulation."
    Tokunaga F*, Nishimasu H*, Ishitani R, Goto E, Noguchi T, Mio K, Kamei K, Ma A, Iwai K, Nureki O,
    EMBO J, 31 3856-3870 (2012).
    PubMed: link, PDB: 3VUW 3VUX 3VUY
  22. "Crystal structure of Enpp1, an extracellular glycoprotein involved in bone mineralization and insulin signaling."
    Kato K*, Nishimasu H*, Okudaira S, Mihara E, Ishitani R, Takagi J, Aoki J, Nureki O,
    Proc Natl Acad Sci USA, 109 16876-16881 (2012).
    PubMed: link, PDB: 4GTW 4GTX 4GTY 4GTZ
  23. "Molecular dynamics simulation of autotaxin: roles of the nuclease-like domain and the glycan modification."
    Koyama M, Nishimasu H, Ishitani R, Nureki O,
    J Phys Chem B, 116 11798-11808 (2012).
    PubMed: link
  24. "Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Enpp1."
    Kato K, Nishimasu H, Mihara E, Ishitani R, Takagi J, Aoki J, Nureki O,
    Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun, 68 778-782 (2012).
    PubMed: link
  25. "A 3D view of autotaxin."
    Nishimasu H, Ishitani R, Aoki J, Nureki O,
    Trends Pharmacol Sci, 33 138-145 (2012).
    PubMed: link
  26. "Structural basis for the bifunctionality of fructose-1,6-bisphosphate aldolase/phosphatase."
    Fushinobu S*, Nishimasu H*, Hattori D, Song HJ, Wakagi T,
    Nature, 478 538-541 (2011).
    PubMed: link, PDB: 3R1M
  27. "Crystal structure of autotaxin and insight into GPCR activation by lipid mediators."
    Nishimasu H, Okudaira S, Hama K, Mihara E, Domae N, Inoue A, Ishitani R, Takagi J, Aoki J, Nureki O,
    Nature Struct Mol Biol, 18 205-212 (2011).
    PubMed: link, PDB: 3NKM 3NKN 3NKO 3NKP 3NKQ 3NKR
  28. "Crystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerevisiae Doa1/Ufd3."
    Nishimasu R, Komori H, Higuchi Y, Nishimasu H, Hiroaki H,
    Kobe J Med Sci, 56 125-139 (2010).
    PubMed: link, PDB: 3L3F
  29. "Structural basis of novel interactions between the small-GTPase and GDI-like domains in prokaryotic FeoB iron transporter."
    Hattori M, Jin Y, Nishimasu H, Tanaka Y, Mochizuki M, Uchiumi T, Ishitani R, Ito K, Nureki O,
    Structure, 17 1345-1355 (2009).
    PubMed: link, PDB: 3A1S 3A1T 3A1U 3A1V 3A1W
  30. "Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the truncated cytosolic domain of the iron transporter FeoB."
    Jin Y, Hattori M, Nishimasu H, Ishitani R, Nureki O,
    Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun, 65 784-787 (2009).
    PubMed: link
  31. "Structural basis of AdoMet-dependent aminocarboxypropyl transfer reaction catalyzed by tRNA-wybutosine synthesizing enzyme, TYW2."
    Umitsu M, Nishimasu H, Noma A, Suzuki T, Ishitani R, Nureki O,
    Proc Natl Acad Sci USA, 106 15616-15621 (2009).
    PubMed: link, PDB: 3A25 3A26 3A27
  32. "Atomic structure of a folate/FAD-dependent tRNA T54 methyltransferase."
    Nishimasu H, Ishitani R, Yamashita K, Iwashita C, Hirata A, Hori H, Nureki O,
    Proc Natl Acad Sci USA, 106 8180-8185 (2009).
    PubMed: link, PDB: 3G5Q 3G5R 3G5S
  33. "Crystal structures of an ATP-dependent hexokinase with broad substrate specificity from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii."
    Nishimasu H, Fushinobu S, Shoun H, Wakagi T,
    J Biol Chem, 282 9923-9931 (2007).
    PubMed: link, PDB: 2E2N 2E2O 2E2P 2E2Q
  34. "Identification and characterization of an ATP-dependent hexokinase with broad substrate specificity from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii."
    Nishimasu H, Fushinobu S, Shoun H, Wakagi T,
    J Bacteriol, 188 2014-2019 (2006).
    PubMed: link
  35. "Expression of acetylcholine (ACh) and ACh-synthesizing activity in Archaea."
    Yamada T, Fujii T, Kanai T, Amo T, Imanaka T, Nishimasu H, Wakagi T, Shoun H, Kamekura M, Kamagata Y, Kato T, Kawashima K,
    Life Sci, 77 1935-1944 (2005).
    PubMed: link
  36. "The first crystal structure of the novel class of fructose-1,6-bisphosphatase present in thermophilic archaea."
    Nishimasu H*, Fushinobu S*, Shoun H, Wakagi T,
    Structure, 12 949-959 (2004).
    PubMed: link, PDB: 1UMG


日本語記事 ↑

  1. "Cas9の結晶構造"
    西増弘志,
    日本結晶学会誌, 57 96-103 (2015).
  2. "Cas9-ガイド鎖RNA-標的DNA三者複合体の結晶構造"
    西増弘志, 濡木 理,
    ライフサイエンス 新着論文レビュー, http://first.lifesciencedb.jp/archives/8416 (2014).
  3. "ユビキチンシグナルの構造生物学"
    西増弘志, 石谷隆一郎, 濡木 理,
    生化学, 85 423-429 (2013).
  4. "校正刷り論文の図を見てがっかりしないために"
    西増弘志,
    蛋白質科学会アーカイブ, http://www.pssj.jp/archives/Opinion_Essay/Essay/Es_04/Es_04.html (2013).
  5. "「真の」二機能性酵素の発見とその「変身」のメカニズム"
    伏信進矢, 西増弘志, 若木高善,
    化学と生物, 50 730-737 (2012).
  6. "ZucchiniはpiRNAの産生に必須のエンドリボヌクレアーゼである"
    西増弘志, 石津大嗣, 塩見美喜子, 濡木 理,
    ライフサイエンス 新着論文レビュー, http://first.lifesciencedb.jp/archives/5850 (2012).
  7. "変形する鍵穴"
    西増弘志,
    生物物理, 52 198-200 (2012).
  8. "1つの酵素が2つの反応を触媒するしくみ"
    西増弘志, 伏信進矢, 若木高善,
    日本結晶学会誌, 54 213-118 (2012).
  9. "脂質メディエーター産生酵素オートタキシンの構造機能解析"
    石谷隆一郎, 西増弘志, 高木淳一, 青木淳賢, 濡木 理,
    実験医学増刊 シグナル伝達研究最前線2012, 30 42-48 (2012).
  10. "糖新生経路ではたらく酵素フルクトース-1,6-ビスリン酸アルドラーゼ/ホスファターゼは“変形”して2つの反応を触媒する"
    西増弘志, 伏信進矢, 若木高善,
    ライフサイエンス 新着論文レビュー, http://first.lifesciencedb.jp/archives/3444 (2011).
  11. "脂質メディエーター産生酵素ATXの結晶構造"
    西増弘志, 高木淳一, 青木淳賢, 濡木 理,
    日本結晶学会誌, 53 207-212 (2011).
  12. "がん転移の原因タンパク質の立体構造"
    西増弘志, 濡木 理,
    東京大学理学系研究科・理学部ニュース, 43 17 (2011).
  13. "脂質メディエーター産生酵素オートタキシンの結晶構造"
    西増弘志, 青木淳賢, 濡木 理,
    ライフサイエンス 新着論文レビュー, http://first.lifesciencedb.jp/archives/2034 (2011).
  14. "RNAサイレンシング因子の構造生物学"
    西増弘志, 濡木 理,
    実験医学増刊 拡大・進展を続けるRNA研究の最先端, 28 107-113 (2010).
  15. "超好熱性古細菌の新規なヘキソキナーゼの基質結合に伴う構造変化"
    西増弘志, 伏信進矢, 祥雲弘文, 若木高善,
    PF NEWS, 25 22-25 (2007).

プレスリリース ↑


平成27年
　　「ゲノム編集のための"小さなはさみ"のかたち」
   ― 小型CRISPR-Cas9の立体構造を解明 ―
　　　http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/8654/


平成26年
　　「ゲノムDNAを自在に切断する"はさみ"のかたち」
　　　http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2014/06.html

平成24年
　　「ゲノムを変異から守る小さなRNAが作られる仕組みを解明」
　　　http://www.jst.go.jp/pr/announce/20121015/index.html

　　「骨疾患や糖尿病発症に関わるタンパク質の構造と機能を解明」
　　　http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2012/37.html

　　「日本人に多い非ホジキンリンパ腫の、ユビキチン化を介した発症機構の解明」
　　　http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2012/36.html

平成23年
　　「原始生命がもつ一人二役の酵素」
　　　http://www.kek.jp/ja/NewsRoom/Highlights/20111020120000/

　　「形を変える鍵穴：生化学の常識を覆す２種類の反応を触媒する酵素」
　　　http://www.u-tokyo.ac.jp/ja/todai-research/research-highlights/a-bifunctional-enzyme/

　　「２種類の化学反応を触媒する酵素が「変身」する姿を世界で初めてとらえた」
　　　http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2011/02.html

　　「がん転移の原因タンパク質の構造解明」
　　　http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2011/02.html

平成19年
　　「「原始生命の反応を探る」〜 超好熱性古細菌のヘキソキナーゼの働き 〜
　　　http://legacy.kek.jp/newskek/2007/julaug/Hexokinase.html

　　「「原始的な糖代謝系酵素の新規な構造：好酸好熱性古細菌由来ヘキソキナーゼと基質との複合体の立体構造を原子レベルで解明」
　　　http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/wakagi.html

賞与 ↑


平成26年
日本結晶学会　進歩賞
日本生化学会　奨励賞
SPRUC 2014 Young Scientist Award
文部科学大臣表彰　若手科学者賞


平成24年
第12回日本蛋白質科学会年会 若手奨励賞


平成23年
第84回日本生化学会大会 鈴木紘一メモリアル賞


平成18年
東京大学大学院農学生命科学研究科長賞


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スタッフ一覧