比較モデリング

比較モデリングのターゲット蛋白質のアミノ酸配列 ↑

昆虫の脱皮ホルモンEcdysoneの受容体(Ecdysone receptor)の配列です．

GSHMASMTGGQQMGRDPKNVPPLTANQKSLIARLVYYQEGYEQPSEEDLKRVTQTWQSDE
DDEDSDMPFRQITEMTILTVQLIVEFAKGLPGFSKISQSDQITLLKACSSEVMMLRVARR
YDAATDSVLFANNQAYTRDNYRKAGMAYVIEDLLHFCRCMYSMMMDNVHYALLTAIVIFS
DRPGLEQPSLVEEIQRYYLNTLRVYILNQNSASPRSAVIFGKILGILTEIRTLGMQNSNM
CISLKLKNRKLPPFLEEIWDVADVA

Modellerアラインメント入力テンプレート ↑

この入力ファイルは，他の構造のモデリングに使用した入力ファイルです．本実習のモデリングにあうように，ちゃんとテキストの通りに変更して使用してください．

>P1;1cj5A
structureX:1cj5:3:A:162:A::::
--VTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILL
QKWENDECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKVLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQS
LVCQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI*

>P1;T0123
sequence:T0123:1::160:::::
VEVTPIMTELDTQKVAGTWHTVAMAVSDVSLLDAKSSPLKAYVEGLKPTPEGDLEILL
QKRENDKCAQEVLLAKKTDIPAVFKINALDENQLFLLDTDYDSHLLLCMENSASPEHS
LVCQSLARTLEVDDQIREKFEDALKTLSVPMRILP--AQLEEQCRV*

Modellerコマンド入力テンプレート ↑

この入力ファイルは，他の構造のモデリングに使用した入力ファイルです．本実習のモデリングにあうように，ちゃんとテキストの通りに変更して使用してください．

from modeller import *
from modeller.automodel import *

env = environ()
a = automodel(env, alnfile='file.aln',
              knowns='model1', sequence='model2')
a.starting_model = 1
a.ending_model = 1
a.make()

実習で使用するサイト ↑

• ゲノムネットのBLAST検索
• モデル構造の評価: ERRAT

レポート ↑

以下の内容を含むレポートをWordで作成し，添付ファイルとして提出先メールアドレスまで送ってください．グラフなどの図は，可能なものはWordファイル中に埋め込んでください．無理な場合は，Wordファイルとともに添付ファイルとして送ってください．

レポートのファイルだけでなく，メール本文にも，必ず氏名と学籍番号を記入してください．

• メール
  • 題名：モデリング実習
  • 本文：氏名と学籍番号を記入
• テンプレート決定までの「結果」と「考察」
  • BLAST, ClustalW, 系統樹
• 1PQ6をテンプレートとした比較モデリングの「結果」と「考察」
  • ERRATのグラフ
  • RMSD値
  • 残基毎のCα間距離のグラフ
• 1Z5Xをテンプレートとした比較モデリングの「結果」と「考察」
  • ERRATのグラフ
  • RMSD値
  • 残基毎のCα間距離のグラフ
• 実習を通した「まとめ」と「考察」

期限 ↑

２０１８年８月１日（水）

提出先 ↑

report-nurekilabbs.s.u-tokyo.ac.jp

↑アットマークがスパム防止のためグラフィクスになっています．コピペできませんので注意してください．
メールで提出された方には，ボーナス点がつきます．（メールの使い方がわからない場合は，印刷したものを紙で提出されても結構ですが，ボーナス点はつきませんのでご了承ください．）